在上環水月宮內，廟中並非單獨安奉天后娘娘，因廟內另有一橫匾，寫著〔天后三元宮〕五個大字，表示廟中祀奉的神靈，共三位之多，天后娘娘衹是主神，另有兩位神靈，同祀該廟內。

相傳包公能審陰陽之事，故民間祀之為神。自宋末之後，到處都是包公廟，香港亦不例外，故天后三元宮中，亦有包公殿。

除了包公殿外，廟中還有一座黃大仙殿。黃大仙廟以嗇色園的為主廟，香港居民很多都信奉黃大仙，但因舊日交通不便，因此居民在上環三元宮內，設黃大仙殿祀奉，避免舟車勞頓，可就近拜禱。

於是這座〔天后宮〕就一共安奉三位神靈，天后娘娘，包公及黃大仙；三神合祀，便稱〔三元宮〕。但因天后為主神，是以在〔三元宮〕上，加上天后二字，而成〔天后三元宮〕，表示此廟有三位靈神。

從前港人遇到有家庭糾紛，都會到這天后三元宮的包公殿來，請包公代為解決，求神指示，例如分家產等糾紛，或大婆與妾侍間糾紛，都向包大人求簽指示，或杯卜決定一切。現在因社會進步，妾侍制度根本廢除，一些有錢人，都有法律顧問，故很少有爭身家等事情發生．而現在交通方便，地下鐵也有黃大仙站，香港居民到黃大仙去參神極為方便，因此天后三元宮，仍以天后娘娘為主神，香火亦以天后為最盛。雖稱〔三元〕，始終以〔天后宮〕為主。